Non l'absence de l'arborescence n'est ni un oubli ni un manque au niveau design du projet. C'est un choix éclairé qui correspond à mon besoin : quand je compare deux tiroirs je veux voir le résultat d'un coup d'?"il et pas devoir me taper l'ouverture des 5 niveaux de répertoires pour le rendre compte qu'au fond il y deux fichiers différents. C'est d'ailleurs de cette manière que j'utilise WinMerge sous windows (via le mode "à plat").

Je peux concevoir que ce ne soit pas la façon de tout le monde. 

Edit: en plus c'est plus compliqué le mode arborescent (ne pas oublier que je continue à supporter le mode shell...). Je verrai ce que je peux faire mais ce sera dans une version suivante, la prochaine aura quelques correctifs notamment au niveau de la mise à jour de l'état après action contextuelle et ajout de la traduction allemande. Elle devrait sortir ce mois ci.